L'Istituto di Biofisica nacque nel 1969 come Istituto di Cibernetica e Biofisica (ICB) con il fine di affiancare ed espandere le ricerche scientifiche che erano state avviate dall'Istituto di Fisica dell'Università di Genova nei settori, allora in forte espansione, della cibernetica e della biofisica.

L'Istituto iniziò la sua attività a Camogli, cittadina costiera nelle vicinanze di Genova. La scelta della località rifletteva l'interesse scientifico dell'ICB per le neuroscienze e la conseguente necessità di utilizzare l'assone del calamaro gigante (Loligo Vulgaris) per gli studi nel settore, poiché tale mezzo rappresentava all'epoca il principale strumento per esplorare l'elettrofisiologia del sistema nervoso. Nel 1984, l'Istituto si trasferì presso il Dipartimento di Fisica dell'Università di Genova e, dieci anni dopo, nell’attuale sede dell'Area di Ricerca CNR di Genova, in via De Marini.

In Aprile 2002, a seguito di una riorganizzazione del CNR, l'Istituto divenne Sezione del nuovo Istituto di Biofisica (IBF). La sede dell'IBF, originariamente stabilita a Pisa, venne trasferita a Genova nell'Aprile del 2003.

Fin dal 1969, lo studio del trasporto ionico attraverso le membrane biologiche ha costituito uno dei principali temi di ricerca dell'ICB. La fine degli anni sessanta segnò l'inizio di una rivoluzione culturale che negli anni ottanta avrebbe portato all'introduzione di nuovi concetti fondamentali in biologia. Oggi non vi sono dubbi sul fatto che la conoscenza dei meccanismi del trasporto ionico sia fondamentale per la comprensione dei processi cellulari che determinano l'esistenza, la perpetuazione e l'evoluzione dei sistemi biologici. L'interesse dell'istituto per la biofisica dell'assone di calamaro gigante ha convogliato le ricerche verso le neuroscienze così come la biologia molecolare e le biotecnologie.

Allo stesso modo, lo studio della cibernetica, che originariamente si incentrò sugli aspetti comuni di varie classi di sistemi complessi (da apparati automatici artificiali a organismi semplici) si evolse in seguito verso lo studio del cervello umano, il più complesso organo in natura. Quando i progressi scientifici resero evidente che ogni sistema di autoregolazione è soggetto ad un diverso programma di esecuzione, le ricerche cibernetiche si rivolsero verso nuovi settori di ricerca indipendenti, quali la robotica, l'intelligenza artificiale, la visione artificiale e la neuroinformatica.

Presso la sede di Genova, il Direttore ha delegato la responsabilita' delle attivita' gestionali ordinarie al Dr. Paolo Facci